Франц Гюртнер е син на машиниста католик Франц Гюртнер и жена му Мария Вайнцийрл. Роден е на 26 август 1881 г. в Регенсбург. Блестящо завършва юридическия факултет на Мюнхенския университет (1900-1904) като стипендиант на студентската фондация "Maximilianeum". След като за кратко работи като юрисконсулт в пивоварно предприятие от 1909 г. работи в органите на правосъдието на Бавария (трети прокурор в Мюнхен). През 1912 г. е втори прокурор на Мюнхен.

Участва в Първата световна война. Воюва на Западния фронт и в Близкия Изток (Палестина), където като капитан командва батальон на експедиционния корпус. Награден е с Железен кръст I и II степен.

След сключването на Версайския мирен договор 1919 г. е демобилизиран. Започва частна адвокатска практика, съветник в областния съд в Мюнхен (1920). От август 1922 г. до юни 1932 г. е министър на правосъдието на Бавария.

От 1919 г. е член на Германската национална народна партия, поддържайки и нацисткото движение. Използвайки всички свои юридически познания и опит, Гюртнер успява да издейства разглеждане на делото за държавна измяна срещу участниците в “Бирения пуч” от 1923 г. не в държавния съд в Лайпциг, а в Мюнхенския народен съд. Това грантира снизходителна присъда за подсъдимите. Освен това Гюртнер се бори и за вдигането на забраните за дейност на NSDAP и за изнасяне на речи на Адолф Хитлер.

От юни 1932 г. е имперски министър на правосъдието в кабинета на Франц фон Папен; с назначаването на Хитлер на поста канцлер запазва министерския си пост. Веднага след “Нощта на дългите ножове” 1934 г. е инициатор на постановлението, оправдаващо действията на есесовците като “насочени в защита на Германия”. Ръководи реформата на съдебната система и реорганизацията на органите на правосъдието, напълно проконтролирани от националсоциалистическта партия. Постепенно полицейският апарат, концентриран в ръцете на Хайнрих Химлер, започва да действа твърде произволно в нацистката държава и Гюртнер възприема роилята на човека, който да придава правово основание на иначе незаконно действащите полицейски органи. През януари 1937 г. Гюртенр и всички останали членове, които не са членове на нацистката партия, са приети в NSDAP.

Есента на 1939 г. подготвя текста на указа за създаването на военно-полеви съдилища в окупираните територии, на които се възлагат задачи за потушаване на съпротивата и всякаква друга, дори потенциална, опозиция.

Умира внезапно на 29 януари 1941 г. – съществува версия за убийство, извършено от представителите на една от противостоящите си в нацистката партия групировки.